Desfragmentar no elimina archivos. Algunos programas de software, especialmente los fabricados y vendidos por terceros, pueden incluir la desfragmentación como parte de un programa de mantenimiento general, y este programa puede incluir la eliminación de archivos temporales o archivos duplicados.
Si utilizas la herramienta de desfragmentación de Windows que viene de fábrica con la mayoría de los portátiles y Desktops HP, tendrás la opción de desfragmentar como un proceso independiente. Puedes ejecutar la herramienta de desfragmentación sin eliminar archivos ni ejecutar copias de seguridad de ningún tipo.